Крім удосконалення методів візуалізації та проникнення «вглиб» стінки органу, сучасна ендоскопія розширює свої можливості за рахунок обстеження «білої плями» гастроентерології - тонкої кишки. Одним з методів тут є капсульна ендоскопія, яка дозволяє отримати зображення слизової тонкої кишки.З іншого боку, некерованість капсули і неможливість дослідження в реальному часі, неможливість біопсії вимагає діагностики за допомогою двохбаллонного інтестіноскопа. Він заснований на просуванні ендоскопа по тонкій кишці з почерговою фіксацією за допомогою двох балонів, що дозволяє досліджувати практично всю тонку кишку. Керованість дистального кінця ендоскопа, дослідження в режимі реального часу з можливістю його припинення дозволяють оглядати тонку кишку і при частковій непрохідності. Наявність інструментального каналу дає можливість проводити забір матеріалу для гістологічного дослідження і виконувати різні лікувальні маніпуляції.
Сучасним методом, що дозволяє оцінювати характер і глибину ураження стінки верхніх відділів шлунково-кишкового тракту, є ендоскопічна ультрасонографія. Метод заснований на використанні ультразвукового сканування при положенні датчика в безпосередньому контакті зі стінкою порожнистого органу. Датчик розташований на дистальному кінці ендоскопа. Висока роздільна здатність ендоскопічного ультразвуку дозволяє чітко диференціювати шари стінки шлунково-кишкового тракту і проводити диференційну діагностику уражень слизової оболонки, підслизових утворень і пухлин.
Використання ехоендоскопів з секторним скануванням забезпечує можливість виконання пункційної біопсії патологічного утворення або склерозування вен під ультразвуковим контролем.